• ホーム
  • GENESIS/Kinetikitを用いた複雑なシグナル伝達モデルの作成

GENESIS/Kinetikitを用いた複雑なシグナル伝達モデルの作成

Developing Complex Signaling Models Using GENESIS/Kinetikit

Protocols

Sci. STKE, Vol. 2004, Issue 219, pp. pl4, 10 February 2004
[DOI: 10.1126/stke.2192004pl4]

Sharat Jacob Vayttaden* and Upinder Singh Bhalla*

National Centre for Biological Sciences, Tata Institute of Fundamental Research, GKVK Campus, Bangalore 560065, India.
*Corresponding authors. Telephone, +91-80-2363-6420; fax, +91-80-2363-6662; e-mail, sharat@ncbs.res.in; bhalla@ncbs.res.in

要約 : 生物学的に現実性のあるシグナル伝達経路モデルの作成は困難な過程であり、計算上の難問や、詳細な経路モデルの複雑さにより生じる難問を伴う。我々は、決定論的および確率論的手法を用いて生化学的なシグナル伝達経路をモデル化するためのグラフィカルなシミュレーション環境である、General Neural Simulation System (GENESIS)およびKinetikit (GENESIS/Kinetikit)を作成した。いくつかの一般的なシグナル伝達経路モデルのライブラリがソフトウェアを補完している。この数値計算エンジン、グラフィカルモデリングツール、モデルライブラリの組み合わせは、多くの情報源から得られるモデルや技術の累積的発展を踏まえるようにデザインされている。シミュレーション環境一式とデモンストレーションモデルは、(http://stke.sciencemag.org/cgi/content/full/sigtrans;2004/219/pl4/DC1または http://www.ncbs.res.in/~bhalla/kkit/download.html)で入手できる。関連するシグナル伝達経路のライブラリは、公表された実験研究やシミュレーション研究に基づいており、シミュレーション結果が公表された結果と適合するように管理されている。ライブラリ中のモデルはデータベース(http://doqcs.ncbs.res.in/)に保存されている。各経路モデルを組み合わせて、複雑なシグナル伝達ネットワークシミュレーションを構築することが可能である。この方法は、モデルに十分な生物学的現実性を得て、その結果を実験と直接比較し、また複雑なシグナル伝達に関する我々の理解を向上させることを全体の目的としている。

S. J. Vayttaden, U. S. Bhalla, Developing Complex Signaling Models Using GENESIS/Kinetikit. Sci. STKE 2004, pl4 (2004).

英文原文をご覧になりたい方はScience Signaling オリジナルサイトをご覧下さい

英語原文を見る