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細胞ネットワークの生化学計算のための定量情報管理

Quantitative Information Management for the Biochemical Computation of Cellular Networks

Protocols

Sci. STKE, Vol. 2004, Issue 248, pp. pl11, 31 August 2004
[DOI: 10.1126/stke.2482004pl11]

Fabien Campagne1*, Susana Neves2, Chiung-wen Chang2, Lucy Skrabanek1, Prahlad T. Ram2, Ravi Iyengar2, and Harel Weinstein1,3,4

要約 : 細胞内の複雑なタンパク質ネットワークを解明するためには、定量モデルを作成し、ネットワークの性質や動きを数値的に計算する能力が必要である。そのような計算解析を実行するためには、生物学的関係と相関した定量的データの貯蔵、管理、確実な検索を可能にするモデリングツールや情報管理システム(IMS)を使用する必要がある。我々は細胞の相互作用の生化学計算に焦点を当て、細胞成分とそれらの相互作用、そしてそれらの相互作用を支配する基礎的反応の両者に関する定量的情報を貯蔵するIMSを作成した。この情報を利用して経路を、さらに最終的には大規模なネットワークを構築することが可能である。このシステムSigPathはインターネット上で入手できる(http://www.sigpath.org)。このアプローチの重要な特徴としては、(i)基礎的情報(たとえば、分子名、別名、アクセスコード)を利用して、データの提出や、この定量的データベースと他の定性的データベースとのリンクを容易にすること、(ii)複数のユーザーによる時間的制約のない情報の改良を可能にする戦略、(iii)定性的および定量的情報の両者を貯蔵するデータ表現の作成、(iv)IMSに貯蔵された情報からカスタム定量モデルを作成する際に寄与者やユーザーを支援する機能、が挙げられる。現在、SigPathで作成したモデルは自動的にいくつかの計算環境、たとえばKinetikit/Genesis、Virtual Cell、Jarnac/JDesigner、JSimなどへエクスポートすることが可能である。このようなシステムは、適切に位置づけされた場合、細胞シグナル伝達ネットワークやその他の細胞ネットワークの大規模な定量的研究に有用となることが期待される。SigPathはGNU General Public Licenseのもとで配布されている。

F. Campagne, S. Neves, C.-w. Chang, L. Skrabanek, P. T. Ram, R. Iyengar, H. Weinstein, Quantitative Information Management for the Biochemical Computation of Cellular Networks. Sci. STKE 2004, pl11 (2004).

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