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紫外線レーザー架橋(UV Laser Cross-linking):クロマチンリモデリングにおける動的なタンパク質/DNA相互作用を解析するためのリアルタイムアッセイ

UV Laser Cross-linking:
A Real-Time Assay to Study Dynamic Protein/DNA Interactions During Chromatin Remodeling

Protocols

Sci. STKE, Vol. 2004, Issue 256, pp. pl13, 26 October 2004
[DOI: 10.1126/stke.2562004pl13]

Akhilesh K. Nagaich and Gordon L. Hager*

Laboratory of Receptor Biology and Gene Expression, Bldg 41 Room B602, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, Bethesda, MD 20892?5055, USA.
*Corresponding author: Telephone, 301-496-9867; fax, 301-496-4951

要約 : 紫外線(UV)レーザー架橋を利用して、転写因子とin vitroで再構成したクロマチン構造をとるDNA鋳型の相互作用をリアルタイムで検討したので報告する。レーザー源は単一nsパルスで高密度の光子を発するので、架橋反応が1マイクロ秒未満で完了する。そのため、タンパク質−DNA相互作用における急速な変化を固定することができる。この方法を用いて、クロマチン構造をとるマウス乳癌ウイルスプロモーターにおけるin vitroでのアデノシン3リン酸(ATP)依存性クロマチンリモデリングにおけるグルココルチコイド受容体(GR)とクロマチンリモデリング複合体(SWI/SNF)の動的平衡をサンプリングした。UVレーザー架橋により、クロマチンリモデリング中にGRとSWI/SNF複合体が周期的に結合したり置換したりすることが示された。このアッセイは、タンパク質−DNA相互作用の平衡に関する独自の情報をリアルタイムで提供するものであり、クロマチンまたはDNA鋳型上の他の複数のタンパク質からなる複合体の集合や解離における動的事象の検討に容易に適応しうる。

A. K. Nagaich, G. L. Hager, UV Laser Cross-linking: A Real-Time Assay to Study Dynamic Protein/DNA Interactions During Chromatin Remodeling. Sci. STKE 2004, pl13 (2004).

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