腸内フローラ解析と腸管バリア機能解析により腸内環境研究をサポートします！
腸内環境改善研究受託サービス

α多様性解析

α多様性とは個体内の環境における種多様性を表す指標です。
本サービスでは下記について、サンプルごとの多様性指数を算出し腸内細菌種数の比較が可能です。

• ASVs：ASVの検出数
• Shannon：種の豊富度と均等度を表す指数(希少な種の影響を受けやすい)
• Simpson：種の豊富度と均等度を表す指数(主要な種の影響を受けやすい)
• 各サンプルの系統学的多様性（PD: phylogenetic diversity）

図3. 箱ひげ図

β多様性解析

メタゲノム解析データを成型し、ヒートマップ、PCoA解析2D、3Dプロットデータ、樹形図を作成致します。

Distance Matrix（Heatmap）

全サンプルの菌叢の違いを総当たりで距離データとして計算します。

• Bray Curtis：群集が似ているときに 0 となり、全く異なる際に最大値 1 を示します。
• Weighted UniFrac：微生物の存在量を考慮 (リード数の重みをつけて評価)
• Unweighted UniFrac：微生物の存在量は考慮せず検出された菌種で評価

※「Euclidean」「Manhattan」の解析も可能（各40,000円／試験）

図4. Distance Matrix -Bray Curtis

UPGMA tree （平均距離法）

サンプル間の類似度(非類似度)を視覚化するために、階層的クラスタリング解析を行った結果です。群集構造が近いサンプル同士でクラスタリングされます。上流で分かれるほど菌叢が違うことを表します。また、枝の長さが菌叢の違いを表します。

図5. UPGMA tree - Bray Curtis

PCoA(主座標分析)

PCoAはサンプル間の類似度（非類似度）を視覚化するものです。プロット位置の距離は群集構造の類似度を表現し、距離が離れるほど菌叢が違うことを意味します。
各軸には寄与率が与えられ、情報量の何％をその軸で説明できるかを表します。

図6. PCoAの結果例（左2Dデータ。右3Dデータ）

マウス・ラットその他糞便（ヒト以外）のDNA抽出費用

納期： 検体が施設に到着後、1〜3週間程度

ヒト糞便のDNA抽出費用

納期：検体が委託先に到着後、4週間程度
^* 凍結乾燥…水分含量による影響を除くことができます。
なお、B型・C型肝炎検体は追加費用が発生いたしますので、お問合せください。

次世代シーケンスによるメタゲノム解析費用

納期： 検体が施設に到着後、2.5ヶ月程度

追加オプション解析

Distance算出オプション

＊Distance算出オプションの各解析は、2D-plot図の作成ができます。
　20,000円/fig、Ellipse表現の有無を選択可。

※納期についての注意事項：

抽出済gDNAをサンプルとしてお送りいただく場合、解析前にサンプルQCを行いますので、もしQC不合格となった際には再度サンプル送付をお願いする場合がございます。
尚、上記納期はQC完了後の納期となりますので、予めご了承ください。

マウス・ラット糞便からの解析費用

∗2: 系統により測定できない場合がございますのでお問い合わせください。
納期： 検体が委託先に到着後、2〜4週間程度
※納期は試験項目や検体数、試験の混み具合により変動します。お急ぎの場合は事前にご連絡ください。

ヒト糞便からの解析費用

※B型・C型肝炎検体は別料金となります。感染性の有無について事前にお知らせください。
納期：キットと検体が委託先に到着後、4週間程度（ご注文頂いてからキット手配を行います）

＊サンプル前処理(2)凍結乾燥…水分含量による影響を除くことができます。（ただいま凍結乾燥作業は中止しております。ご迷惑をお掛けし申し訳ございませんが、再開まで今しばらくお待ちください。）

サンプルの種類

盲腸内容物か糞便であることが多いですが、他の腸管内容物でもかまいません。もしくは、上記の検体から抽出した微生物ゲノムDNAからの解析もお請けします。 また提供者のインフォームド・コンセントが得られていることが前提となり、提供者の個人情報が特定できないようにサンプル名を匿名化して下さい。

サンプルの必要最低量

菌叢解析においては腸管内容物、糞便の場合 200 mg 以上。
ムチン、IgA解析も同時にご依頼をいただく場合はそれぞれ別途100 mg以上の糞便が必要です。
ゲノムDNAの場合 ヌクレアーゼフリー水をご使用の上30 µL以上。濃度 (ng/µL)、純度 (A260/280)の情報を添付願います。

サンプルの推奨採取法および送付方法

1) 糞便サンプルの採取方法

腸管内容物を解析検体とする場合は、摘出後組織を取り除いて速やかに凍結保存し、-20℃以下でご送付下さい。 マウス／ラットの糞便は、採取日の24時間分をすべて集めて下さい。コニカルチューブ等に集め、−20℃以下で保存、ご送付下さい。冷蔵では細菌叢が変化してしまいますのでご注意下さい。 ゲノムDNAの場合は4℃、または−20℃でご送付下さい。 ヒト採便に関しましてはテクノスルガ・ラボ社製の採便キットをご使用頂きます。ブラシタイプ、スプーンタイプの2種類ございます。

●ブラシタイプ
常温で1ヶ月迄、菌叢を動かさない事が可能であるため、常温で保管、ご送付頂くことが可能です。冷凍を行いますと内容物の保存液が膨張を起こし、採便キット破損の原因になります。ただし、夏の猛暑時などは、加温による膨張（液漏れ）を防ぐため、冷蔵便を推奨しています。主にご自宅で採便をされる場合に向いているキットになります。なお、本タイプは保存液に糞便を懸濁するために秤量が出来ませんので、IgA や ムチンの定量をご希望の際にはご使用ただけません。

●スプーンタイプ
保存液が入っておりませんので冷凍にて保存、郵送をして頂きます。比較的安価な上に定量試験を行う場合、便の秤量が必要になりますので本タイプをご選択頂きます。主に病院等で採便される様な冷凍施設が充実している施設内での採便向きのキットになります。

※ヒト由来サンプルのお預かりに際しましては、非感染性検体の確認書PDFに必要事項をご記入頂きます。
感染性検体の場合は別料金となりますので、必ず事前にお知らせ下さい。

2) ゲノムDNA の抽出方法

弊社では、下記の DNA 抽出プロトコルを推奨しております。
2017年にドイツの研究チームによって、ヒト糞便からの DNA 抽出法 21 種を比較し、最も良好に検出が行われた手法になります。

• プロトコル：ヒト糞便 DNA 抽出プロトコル（2017年ドイツ研究チーム推奨）
• 参考文献：
  Paul I Costea, Georg Zeller. et.al.Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies. Nature Biotechnology 35,1069-1076 (2017)

当社のDNA抽出サービスではQIAamp Fast DNA Stool Mini Kitを使用して、上記プロトコルに沿ってBeads Beatingを行っています。

試験後の検体の扱いについて

腸管内容物、糞便、抽出DNAは廃棄いたします。残余検体の返送が必要な場合はあらかじめご連絡をお願いいたします（返送費用は別途お見積となります）。なお、検体の保管業務は請け負っておりません。