RNA-Seqのサンプル調製に、ヒト、マウス、ラット用 リボソームRNA除去キット RiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat (HMR)

Total RNA は全体の 80 〜 98% をリボソーム RNA（rRNA）が占めており、血液サンプルの場合は、mRNA の 35 〜 80% をグロビン mRNA が占めます。 RiboCop rRNA Depletion Kit は、mRNA の解析をするうえで不要な rRNAやグロビン mRNA を total RNA サンプルから効率良く除去します。FFPE サンプルのような分解の進んだ total RNA にも使用可能です。RiboCop 処理で得られた RNA はそのまま次世代シークエンス解析やその他のアプリケーションに利用可能です。

• バクテリア用　リボソームRNA除去キット
• 酵母用 リボソームRNA除去キット

• インタクトな RNA、分解の進んだ RNA（FFPE サンプルなど）のいずれにも対応
• 幅広いインプット RNA 量（1 ng 〜 1 µg）に対応
• 磁気ビーズを用いた簡単な精製プロトコール；自動化にも対応
• 酵素や機械を用いた断片化は不要
• CORALL Total RNA-Seq Kit とのセット品をご用意
• rRNA ＋グロビン mRNA 除去用のキットをご用意

プローブとターゲット配列のアクセス向上のため、アフィニティプローブとtotal RNAを混ぜて変性させます。その後、昇温によりRNAとプローブをハイブリダイゼーションします。この間、ハイブリダイズしたRNAを除去するために使用する除去ビーズを調製します。残ったRNAを磁気ビーズを用いて精製し、終了です。精製に磁気ビーズを用いる事でプロトコルをオートメーション化し、また容易で短時間のプロトコルとなっています。
RiboCop で調製した RNA サンプルはランダムプライミング法の RNA-Seqライブラリ調製キットと共にご使用いただけます。Lexogen 社では、CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit とのセ ット品をご用意しています。

図1. RiboCop rRNA Depletion Kitのワークフロー

幅広いインプット量で効率よくrRNAを除去

RiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat V2 は、インタクトな RNA や分解の進んだ RNA サンプル（FFPE RNA など）から細胞質 rRNA（28S、18S、5.8S、5S、45S）およびミトコンドリア由来の rRNA（mt16S、 mt12S）を効率よく除去します。標準的な回収率は、 input RNA の1〜3%です（サンプルにより異なります）。 RiboCop for Human/Mouse/Rat V2 は、インプット量に関わらず、転写産物を維持しながら、効率良く rRNA を除去します（図 2、図 3）。

図2. 幅広いインプット量で効率よくrRNAを除去
ヒト（Universal Human Reference RNA; UHR）、マウス（肝臓組織）、ラット（肝臓組織）のtotal RNAからRiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat（HMR）V2を用いてrRNAを除去した。得られたRNAについて、Lexogen社のCORALL Total RNA-Seqライブラリ調製キットを用いてライブラリを調製し、NextSeq500（1×75 bp）にてシークエンス解析を行った。リードはリファレンスゲノム（ヒト ： GRCh38.95、マウス ： mmu_GRCm38.95、ラット ： rno_Rnor_6.0.95）にマッピングした。動物種やInput量に依らず、効率よくrRNAを除去することができた。

図3. 幅広いインプット量で転写産物を維持
RiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat（HMR）V2 を用いて rRNA を除去したサンプルについて、検出された転写産物の相関を示した（100 ng RNA vs 1 ng RNA）。

RiboCop for Human/Mouse/Rat Plus Globin

血液サンプルの場合、mRNA の 35 〜 80% をグロビンmRNA が占めます。RiboCop for Human/Mouse/Rat Plus Globin は、全血 RNA から rRNA とグロビンmRNAを同時に除去しますので、血液サンプルの whole transcriptome解析の際、目的の RNA がより見やすくなります（図 4）。

図4. RiboCop rRNA Depletion for Human/Mouse/Rat plus Globin （HMR+Globin）はヒト血液 RNA から rRNA およびグロビン mRNA を効率的に除去する
10 ngのヒト全血RNAからRiboCop HMR V2 ま た はHMR+Globin Probe Mix を用いて rRNA（グロビン mRNA）除去を行った。 CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit を用いてライブラリを調製し、シークエンス解析を行った。rRNA のリードを青で、グロビン mRNA を紫色でプロットした。

• Hybridization Solution
• Probe Mix
• Depletion Beads
• Depletion Solution
• Purification Beads
• Purification Solution
• Elution Buffer

【関連情報】

• LEXOGEN社：RNAシーケンス解析（NGS）用ライブラリ構築キットカタログ
• 特集：次世代シーケンシング　ライブラリ調製　ポータルサイト

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