商品情報

記事ID : 34687
研究用

RNA-Seqのサンプル調製に、total RNAからrRNAを効率よく除去RiboCop rRNA Depletion Kit

このエントリーをはてなブックマークに追加

哺乳動物細胞由来のtotal RNAには全RNA中の80〜90%の割合でリボソームRNA(rRNA)が含まれます。本キットは、インタクトなtotal RNAはもちろん、FFPEサンプルのような分解の進んだtotal RNAからも細胞質由来rRNA(28S, 18S,5.8S, 45S rRNA)およびミトコンドリア由来rRNA(mt16S,mt12S, 5S)を除去します。
rRNA除去後のRNAはRNA-Seqを含む各種RNA解析にご使用いただけます。

特長

  • ヒト、マウス、ラット検体の細胞質rRNAならびにミトコンドリアrRNAを特異的に除去
  • インタクトなRNA、分解の進んだRNA(FFPEサンプルなど)のいずれにも対応
  • 幅広いインプットRNA量(1 ng〜1 μg)に対応
  • 磁気ビーズを用いた簡単な精製プロトコル
  • ランダムプライムのRNAライブラリ作製に適応(Lexogen社 CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit(品番:146)など)

ワークフロー

プローブとターゲット配列のアクセス向上のため、アフィニティプローブとtotal RNAを混ぜて変性させます。その後、昇温によりRNAとプローブをハイブリダイゼーションします。この間、ハイブリダイズしたRNAを除去するために使用する除去ビーズを調製します。残ったRNAを磁気ビーズを用いて精製し、終了です。精製に磁気ビーズを用いる事でプロトコルをオートメーション化し、また容易で短時間のプロトコルとなっています。

RiboCopのワークフロー
図1. RiboCop rRNA Depletion Kitのワークフロー

パフォーマンス

幅広いインプット量で効率よくrRNAを除去

E. coliから精製したtotal RNAについて、RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Negative Bacteria(G-)を用いてリボソームRNAを除去した(インプット量 1 ng‐1 ug )。リボソームRNA除去後、リボソームRNAに由来するリードは全体の98%から1-3%に減少した(図2)。また、その後のトランスクリプトーム解析ではリボソームRNA除去による影響は見られなかった(図3)。

RiboCop HMR V2 幅広いインプット量で効率よくrRNAを除去
図2. 幅広いインプット量で効率よくrRNAを除去
ヒト(Universal Human Reference RNA; UHR)、マウス(肝臓組織)、ラット(肝臓組織)のtotal RNAからRiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat(HMR)V2を用いてrRNAを除去した。得られたRNAについて、Lexogen社のCORALL Total RNA-Seqライブラリ調製キットを用いてライブラリを調製し、NextSeq500(1×75 bp)にてシークエンス解析を行った。リードはリファレンスゲノム(ヒト : GRCh38.95、マウス : mmu_GRCm38.95、ラット : rno_Rnor_6.0.95)にマッピングした。動物種やInput量に依らず、効率よくrRNAを除去することができた。

構成内容

  • Hybridization Solution
  • Probe Mix
  • Depletion Beads
  • Depletion Solution
  • Purification Beads
  • Purification Solution
  • Elution Buffer

※詳細はUser Guideをご確認ください。(User Guide PDF

RiboCop for Human/Mouse/Rat V2

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat (HMR) V2詳細データ LEX 144.24 24 PREP.
¥296,000
RiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat (HMR) V2詳細データ LEX 144.96 96 PREP.
お問い合わせ

RiboCop for Human/Mouse/Rat plus Globin

インタクトなRNA、全血由来のRNAから、rRNAに加えグロビン由来のmRNAを同時に除去するキットです。

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat plus Globin (HMR+Globin)詳細データ LEX 145.24 24 PREP.
¥340,000
RiboCop rRNA Depletion Kit for Human/Mouse/Rat plus Globin (HMR+Globin)詳細データ LEX 145.96 96 PREP.
お問い合わせ

 

 

【関連商品】RiboCop for Bacteria

分解の進んだtotal RNAやインタクトなtotal RNAからrRNAを除去するキットです。細菌群(mixed bacterial samples)用、グラム陰性菌用、グラム陽性菌用のキットをご用意しています。

幅広いインプット量に対応

E. coliから精製したtotal RNAについて、RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Negative Bacteria(G-)を用いてリボソームRNAを除去した(インプット量 1 ng‐1 ug )。リボソームRNA除去後、リボソームRNAに由来するリードは全体の98%から1-3%に減少した(図)。また、その後のトランスクリプトーム解析ではリボソームRNA除去による影響は見られなかった(図3)。

E. coli RNAにおけるリボソームRNA除去効率
図. E. coli RNAにおけるリボソームRNA除去効率
E. coliから精製したtotal RNA(1, 10, 100 ng, 1 μg)について、RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Negative Bacteria(G-)を用いてリボソームRNAを除去し、total RNAと並行して、Lexogen社のCORALL Total RNA-Seq Library Prep Kitを用いてNGSライブラリーを作製した。Illumina NextSeq(1×75 bp)でシークエンス解析し、BBMapを用いてMG1655株のリファレンス配列にマッピングした。リボソームRNAにマッピングされたリードを青色で示した。

細菌群(mixed bacterial samples)用リボソームRNA除去キット

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RiboCop rRNA Depletion Kit for Mixed Bacterial Samples (META), 24 preps詳細データ LEX 125.24 24 PREP.
¥219,000
RiboCop rRNA Depletion Kit for Mixed Bacterial Samples (META), 96 preps詳細データ LEX 125.96 96 PREP.
お問い合わせ

グラム陰性菌用リボソームRNA除去キット

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Negative Bacteria (G-), 24 preps詳細データ LEX 126.24 24 PREP.
¥159,000
RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Negative Bacteria (G-), 96 preps詳細データ LEX 126.96 96 PREP.
お問い合わせ

グラム陽性菌用リボソームRNA除去キット

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Positive Bacteria (G+), 24 preps詳細データ LEX 127.24 24 PREP.
¥159,000
RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Positive Bacteria (G+), 96 preps詳細データ LEX 127.96 96 PREP.
お問い合わせ

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

お問い合わせ

「RiboCop rRNA Depletion Kit」は、下記のカテゴリーに属しています。

© COSMO BIO