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記事ID : 34687
研究用

RNA-Seqのサンプル調製に、ヒト / マウス / ラット用リボソームRNA除去キットRiboCop rRNA Depletion Kit

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Total RNA を抽出した場合、多量のリボソームRNA(rRNA)が含まれます。Lexogen 社RiboCop rRNA Depletion Kit は、分解の進んだtotal RNA やインタクトなtotal RNAからrRNA を効率良く除去します。rRNA 除去後のRNAは、シーケンス解析(次世代シーケンス解析)を含む各種RNA 解析にご使用いただけます。

 

特長

  • ヒト、マウス、ラット検体の細胞質rRNA(28S、18S、5.8S、5S、45S)ならびにミトコンドリアrRNA(mt16S、mt12S)を特異的に除去
  • インタクトなRNA、分解の進んだRNA のいずれにも対応
  • RNA 量1 ng 〜 1,000 ng(1 µg)に対応
  • 磁気ビーズを用いた簡単な精製プロトコル
  • 各種RNA-Seq ライブラリ作製に適応(もちろんLexogen 社SENSE Total RNA-Seq に最適)

ワークフロー

プローブとターゲット配列のアクセス向上のため、アフィニティプローブとtotal RNA を混ぜて変性させます。その後、昇温によりRNAとプローブをハイブリダイゼーションします。この間、ハイブリダイズしたRNA を除去するために使用する除去ビーズを調製します。残ったRNA を磁気ビーズを用いて精製し、終了です。精製に磁気ビーズを用いる事でプロトコルをオートメーション化し、また容易で短時間のプロトコルとなっています。

LEX_03724_2.jpg

図.1 RiboCop rRNA Depletion Kit のワークフロー

 

パフォーマンス

RiboCop rRNA Depletion Kit は、ヒト、マウス、ラット検体のtotal RNA から高効率でrRNA を除去します(表1)。FFPE 組織に由来する分解が進んだ試料RNA にもご使用いただけます(表1)。用いたRNA からの標準的な回収率は1 〜3% の範囲で、これは用いるRNA の状態に高く依存します。また、個別に精製したヒトRNA 100 ngを用いた場合、その再現性はR2 > 99% と高い数値を示します。

表.1 RiboCop rRNA Depletion Kit は高効率のrRNA 除去を可能にする
RiboCop で調製されたRNA で、SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit を用いて、ライブラリ作製し、HiSeq でシーケンス解析を行った。得られたリードはrRNAリファレンスシーケンスにマッピングし、また、参考としてrRNA を除去していないライブラリに対して定量した。UHRR:universal human reference RNA, HBRR; human brain reference RNA, mt rRNA; mitochondria RNA
UHRR HBRR FFPE Mouse Rat
18S rRNA
99.29 %
98.98 %
89.36 %
99.60 %
98.76 %
28S rRNA
98.70 %
97.40 %
86.38 %
98.14 %
97.01 %
5.8S rRNA
99.55 %
99.51 %
99.34 %
99.85 %
98.73 %
5S rRNA
99.39 %
96.49 %
98.75 %
99.24 %
97.74 %
mt rRNA
99.79 %
99.50 %
96.49 %
99.12 %
99.55 %
Overall
99.05 %
98.22 %
88.51 %
98.77 %
97.97 %

 

構成内容

  • Buffers and Purification Beads

※詳細はUser Guideをご確認ください。(User Guide PDF

RiboCop rRNA Depletion Kit

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RiboCop rRNA Depletion Kit V1.3詳細データ LEX 037.24 24 PREP.
販売終了
RiboCop rRNA Depletion Kit V1.3詳細データ LEX 037.96 96 PREP.
販売終了

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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