Lexogen社 RiboCop rRNA Depletion Kit

新しく調製された80% EtOHが必要です。その他の試薬は全てキットに含まれているため、追加でご購入いただく必要はございません。

はい、サーモミキサーがない場合は、サーマルサイクラーや、ヒートブロックを撹拌せずに使用することで代用可能です。

すべてのQuantSeq製品でUniversal Human Reference RNA（アジレント・テクノロジー株式会社）をポジティブコントロールとして使用することを推奨しています。

はい、キットの プローブミックスを組み合わせることが可能です。詳細なプロトコルについては、お問い合わせください。

はい、RiboCop rRNA Depletion Kitは、CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kitとの併用に適したキットとなっております。RiboCopとCORALL Total RNA-Seq Library Prep Kitがセットになった商品の取り扱いもございます。
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いいえ、RiboCopは、small RNAの解析を目的としたRiboSeqで使用することは推奨しておりません。

RiboCop HMRには、ヒト、マウス、ラットのRNAサンプルからのrRNA除去に使用可能なプローブが含まれています。また、RiboCop HMRはハムスター、ミニブタ、ゼブラフィッシュのサンプルでも成功例がございます。

2つのバージョンの違いは、プローブミックスにあります。V2キットでは、off-target効果（非特異的結合）を最小限に抑えるために、洗練されたアルゴリズムで設計されたプローブが採用されています。さらに、V2キットで採用されている新しいプローブミックスでは、全ての転写産物の変異体をカバーするように設計されています。その他のワークフローと手順については、V1.3から変更ありません。また、Ｖ２キットでは、V1.3と比較してより高品質/低品質RNAでの機能が向上しております。

RiboCop HMRでは、1 ng〜1 µgのtotal RNAインプット量に対応しております。

インプットしたサンプルにもよりますが、基本的に1〜3％程度の回収率になります。

RiboCop HMR V2は、rRNAのリードを80〜90%から1%未満まで効率的に減らすことができます。インプットしたサンプルにもよりますが、一般的なrRNA除去キットでは1〜2％まで減少させるのが基本です。

RiboCop HMR plus Globinでは、ヒト、マウス、ラットの様々な品質レベルの全血RNAで試験されています。

rRNAの絶対数は同じであるものの、グロビンmRNAが除去されることにより、mRNAの35〜75%が除去されるため、rRNAのリードの割合が高くなります。

グロビンmRNAは全血サンプル中の全mRNAの30〜80%を占めており、RiboCop for Human/Mouse/Rat plus Globinを使用することで、90%以上のグロビンmRNAを効率的に除去することができます。

全血サンプル中の全mRNAのうち、グロビンmRNAが30〜80%を占めているため、rRNA除去のみの場合と比較して、RiboCop HMR plus Globinを使用した場合は、約2〜4倍のシークエンス深度を節約することができます。

グラム陰性菌(例：大腸菌)や、グラム陽性菌(例：B. Subtilis)などのバクテリアが一種類のみ含まれる培養サンプルには、RiboCop for Gram Negative Kit（品番：126.24、126.96）またはGram Positive Bacteria Kit（品番：127.24、127.96）を推奨いたします。RiboCop for Mixed Bacterial Samples（品番：125.24、125.96）は混合細菌サンプル（例えば、マイクロバイオームサンプルの大規模なトランスクリプトーム解析等)からのrRNAの除去に適しています。
どのキットを使用するべきか迷っている場合は、RiboCop for Bacteria Kit Selection Toolを使用して、目的のサンプルに最適なキットをお調べいただけます。

はい、ご使用いただけますが、RNAインプット量は1〜100ngを推奨しております。

RiboCop rRNA Depletion Kit for Bacteriaで効率的にrRNAを除去するための推奨インプット量は、RiboCop for Gram Negative Kit（品番：126.24、126.96）またはGram Positive Bacteria Kit（品番：127.24、127.96）の場合、1〜1000 ngです。最初に実験される際は、インプット量は100 ngを推奨しております。RiboCop for Gram Negative Kit（品番：126.24、126.96）またはGram Positive Bacteria Kit（品番：127.24、127.96）では、total RNAインプット量は1〜1000 ngでrRNA除去を行うことを推奨しており、単一培養サンプルでご使用される場合は、1〜100ngを推奨しております。

グラム陽性菌またはグラム陰性菌用のプローブミックスを用いて、細菌の単一培養サンプル由来の高品質RNAを処理した場合、残りのrRNAリードは1%未満まで減少させることができます。混合細菌サンプル由来RNAとMETAプローブミックスにおける除去効率は、RNAの品質とサンプルの純度によって異なる可能性があり、塩や、金属イオン、有機溶媒などのコンタミネーションがあると、プロトコルの効率に悪影響を及ぼす可能性があります。

rRNA除去が効率的にできる推奨のRNAインプット量は10〜1000 ngです。

酵母におけるrRNAの割合は非常に高いため（total RNAの約97%）、BioanalyzerやTapeStationなどのマイクロ流体ベースのプラットフォームでは、RiboCopで処理したサンプルを検出するのに十分な感度がない場合があるため、QCを行うことは推奨しておりません。目的の下流のアプリケーションに、得られたRNAを直接ご使用いただくことを推奨しております。
RiboCopでの処理後にRNAを評価する必要がある場合は、rRNAに特異的なプライマーを用いてRT-qPCRまたはRT-PCRアッセイを行い、除去処理前後のrRNAの量を評価してください。

高品質のRNAを処理した場合、残りのrRNAリードは1%未満まで減少させることができます。除去効率はRNAの品質とサンプルの精製度によって異なる可能性があり、塩や、金属イオン、有機溶媒などのコンタミネーションがあると、プロトコルの効率に悪影響を及ぼす可能性があります。

はい、 RiboCop rRNA Depletion Kit for Yeastは幅広いインプット量（1 ng〜1000 ng）にわたって、低品質のRNA（RIN値 〜2）のrRNAのリードを2〜5％まで減少させることができます。
RNAの品質や、サンプルの精製度によって、除去効率が異なる場合があり、塩や、金属イオン、有機溶媒などのコンタミネーションがあると、プロトコルの効率に悪影響を及ぼす可能性があります。