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記事ID : 5383

5. 付録1 UCD-250型(出力250W)によるChIP assay処理例


容器:1.5mlチューブ
サンプル量 標的タンパク質 ホルムアルデヒド
処理
UCD-250
使用条件
DNA 長 ChIP
assay
Protocol
サンプル種:プラスミドDNAを磁気ビースに固定し、クロマチン作製
plasmid DNA 400 ng 複製因子 5 min at RT in formaldehyde 1% final 250 W,
30 sec ON/30 sec OFF/15 cycle (15 min)
500-300 bp ladder Upstate 社 protocol
サンプル種:Humnan B cell
200 ul,
3 x 106 cells
アセチル化ヒストン 5 min at RT in formaldehyde 1% final 250 W,
30 sec ON/1 min OFF/11cycle (16.5 min)
2 kbp 以下 ladder Upstate 社 protocol
容器:15mlチューブ
サンプル量 標的タンパク質 ホルムアルデヒド
処理
UCD-250
使用条件
DNA 長 ChIP
assay
Protocol
サンプル種:Hela cells
1.4 ml,
2x107 cells
TBP,
RNA polymerase II,
Suv39H1,
Paf1 etc.
10 min at RT in formaldehyde 0.75% final 250 W,
30 sec ON/30 sec OFF/20 cycle (20 min)
800-250 bp ladder Abcam 社 protocol
サンプル種:U2OS cells
1.4 ml,
2x107 cells
TBP,
RNA polymerase II,
Suv39H1,
Paf1 etc.
10 min at RT in formaldehyde 0.75% final 250 W,
30 sec ON/30 sec OFF/7 cycle (7 min)
800-250 bp ladder Abcam 社 protocol
サンプル種:HL60
1.4 ml,
2x107 cells
TBP,
RNA polymerase II,
Suv39H1,
Paf1 etc.
10 min at RT in formaldehyde 0.75% final 250 W,
30 sec ON/30 sec OFF/20 cycle (20 min)
800-250 bp ladder Abcam 社 protocol
サンプル種:MCF7
1.4 ml,
2x107 cells
TBP,
RNA polymerase II,
Suv39H1,
Paf1 etc.
10 min at RT in formaldehyde 0.75% final 250 W,
30 sec ON/30 sec OFF/25 cycle (25 min)
800-250 bp ladder Abcam 社 protocol
容器:−
サンプル量 標的タンパク質 ホルムアルデヒド
処理
UCD-250
使用条件
DNA 長 ChIP
assay
Protocol
サンプル種:酵母 (超音波処理前にビーズで破砕)
OD=10,
4 ml
転写因子 30 min at RT in formaldehyde 4% final 250 W,
30 sec ON/1 min OFF/5 cycle (7.5 min)
1000-500 bp ladder
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