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シングルセル解析用免疫プロファイリング抗体カクテル（固定細胞サンプル適用） MultiPro™（マルチプロ）オリゴヌクレオチド標識抗体

メーカー名：Proteintech Group, Inc.

『MultiPro™（マルチプロ）』は、Proteintech Genomics（プロテインテック・ジェノミクス）が提供する単一細胞（シングルセル）タンパク質発現解析用のオリゴヌクレオチド標識抗体カクテルです。ヒト固定細胞を対象に、シングルセルRNA-seq（scRNA-seq）解析と同時に「細胞表面タンパク質」および「細胞内タンパク質」の検出と定量を実現します。

マルチオミクス解析とは?
特長
よくある質問
使用例

MultiPro（マルチプロ）シングルセル解析用免疫プロファイリング抗体カクテル外観

背景

■ マルチオミクス解析とは?

マルチオミクス（Multiomics：複数のオミクス）解析とは、特定階層の生体分子を対象とする学問分野（例：ゲノム／遺伝子を研究対象とする「ゲノミクス」等）において、網羅的な研究や調査を行う「オミクス解析」を多階層で実施するための技術や方法です。例えば、RNAを研究対象とする「トランスクリプトミクス（Transcriptomics）」やタンパク質を研究対象とする「プロテオミクス（Proteomics）」を並行して行うことが挙げられます。マルチオミクス解析を用いたアプローチは、生命現象、疾患／病態の普遍性、多面性および複雑性をより良く理解するためにその重要性が一段と増しています。

図. 様々なオミクス解析

■ シングルセルにおけるマルチオミクス解析

• シングルセル解析とは?

近年、1細胞レベルで解析を行う「シングルセル解析」が急速に普及しつつあります。不均一な細胞集団における、個々の細胞の特徴や細胞挙動に関する、より高解像度な情報を得ることができるため、強力なツールとして注目されています。シングルセルへの分画化には、油中に分散する水性の液滴（ドロップレット／エマルジョン）を形成させる「ドロップレット（Droplet）法」や微細構造を有する特殊なカートリッジ型デバイスを利用してシングルセルを単離する「マイクロウェル（Microwell）法」等のいくつかの方法が考案されています。

• シングルセル分画化のためのドロップレット法

ドロップレット法ではセルバーコード配列が付与されているビーズ（ゲルビーズ）と単一細胞を合流させた後、油中に分散する水性の液滴を形成させます。1つの液滴内に個々のビーズと単一細胞を封入した状態で、各液滴内で細胞を溶解させ、逆転写反応を実施することでバーコード化cDNAを調製します。バーコード化cDNAをプールして次世代シーケンシング解析（NGS）用ライブラリーを調製後、次世代シーケンサーを用いて塩基配列を読み取ります。ドロップレット法では、1回の実験で最大100万個（10⁶）の細胞を分析対象にできるため、ハイスループットな解析が可能となります。

図. ドロップレット（Droplet）法によるシングルセル分画化のイメージ

• シングルセルにおけるRNA解析

現在、RNAを分析対象として1細胞レベルでの遺伝子発現を網羅的に解析する「シングルセルトランスクリプトミクス解析」が主流となっています。次世代シーケンシング技術を用いて細胞ごとの情報を解析するこの手法は「シングルセルRNA-seq（scRNA-seq）」と呼ばれ、1回の実験で最大数百万細胞の遺伝子発現情報を取得できます。scRNA-seqは、細胞種別、細胞の挙動、疾患のメカニズム、各種バイオマーカーに関する貴重な手掛かりを提供します。

図. シングルセル RNA-seq（scRNA-seq）の応用例

さらに詳細はこちら：ゲノミクスラーニングセンター

• タンパク質を同時に解析するCITE-seq法とは?

シングルセル解析において、抗体識別バーコード配列が付加されたオリゴヌクレオチド標識抗体を使用してトランスクリプトミクス（RNA）解析と同時にタンパク質の発現の定量を可能にする「CITE-seq」法と呼ばれる手法が開発されました。CITE-seqを利用したマルチオミクス解析は、1つのアッセイでトランスクリプトミクス解析とプロテオミクス解析を同時に実施することができるため細胞ごとの包括的な情報を提供します。

図. オリゴヌクレオチド標識抗体

使用目的

■ MultiPro™（マルチプロ）とは?

MultiPro™（マルチプロ）は、従来の細胞表面タンパク質だけではなく、細胞内タンパク質の定量も可能にする新しいCITE-seq的解析ツールです。53種類のタンパク質マーカーに対するオリゴヌクレオチド標識抗体を混合し、以下のターゲットの検出と定量を実現します。

細胞表面タンパク質
核内タンパク質／転写因子
細胞質タンパク質

特長

シングルセルRNA-seqと統合可能なマルチオミクス解析用試薬
細胞表面タンパク質に加えて、「細胞内タンパク質」の同時定量を初めて実現！
4%PFA固定細胞サンプルに適用
10x Genomics社「Chromiumシングルセル遺伝子発現Flex」適合
（Feature Barcodeマルチプレックス化キットを利用）
力価調整済み&独自配合の抗体カクテルを凍結乾燥品として提供

その他

■ 適用サンプル／適合システム

MultiPro™（マルチプロ）オリゴヌクレオチド標識抗体は、10x Genomics社のFeature Barcodeマルチプレキシングキットに適合します。

適用サンプル：4%PFA固定ヒト末梢血単核細胞（PBMC）
適合シーケンサー：Illumina社の次世代シーケンサー装置

適合可能な 10x Genomics社製品：

品名	包装	カタログ番号
Chromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kit	16 rxns	PN-1000414
Chromium Next GEM Chip Q Single Cell Kit	48 rxns	PN-1000418
Chromium Next GEM Chip Q Single Cell Kit	16 rxns	PN-1000422
Chromium Fixed RNA Kit, Human Transcriptome	4 rxns x 4 BC	PN-1000475
Chromium Fixed RNA Kit, Human Transcriptome	4 rxns x 16 BC	PN-1000476
Fixed RNA Feature Barcode Multiplexing Kit	64 rxns	PN-1000628
Dual Index Kit TS Set A	96 rxns	PN-1000251
Dual Index Kit TN Set A	96 rxns	PN-1000250

■ ワークフロー

Fc受容体のブロッキング後に4%PFAによる細胞の固定処理および透過処理を実施して、MultiPro™（マルチプロ）によって染色します。

図. MultiPro™（マルチプロ）のワークフロー

■ シーケンシング用パラメーター

10x Genomics社の対応キットとは異なるパラメーターでシーケンシングを実施する必要があります。遺伝子発現解析と MultiPro™のシーケンシング用ライブラリーの解析を同時に実施する場合、以下のパラメーターを使用してください。

Read 1：48 cycles
Index 1：10 cycles
Read 2：50 cycles
Index 2：10 cycles

■ 「プロトコール」はこちらから閲覧できます

MultiPro™（マルチプロ）オリゴヌクレオチド標識抗体 - プロトコール（言語：英語）

ターゲット一覧

MultiPro™（マルチプロ）には53種類のターゲットタンパク質特異的抗体とアイソタイプコントロール抗体が含まれます。

表. MultiPro™（マルチプロ）ターゲットタンパク質一覧

よくある質問 FAQ

【01】MultiPro™免疫プロファイリング抗体カクテル（品番：G900004）のプロトコールを教えてください。

こちらからご覧いただけます［PDF］（言語：英文）。

【02】MultiPro™はどのようなサンプルに使用できますか?

本製品は4%PFA（パラホルムアルデヒド）で15分間固定処理したヒトPBMC（末梢血単核細胞）で検証されています。その他のヒト細胞にも適合すると考えられますが、現時点で検証は行われていません。なお他の固定方法は推奨されません。

【03】1つのバイアルでどれくらいの細胞を「染色」できますか?

本製品（品番：G900004）には4バイアルの抗体カクテル（凍結乾燥品）が含まれます。1バイアル（1 rxn）あたり、 100万個（10⁶）の細胞を染色できます。細胞数を増やしたり、抗体カクテルの希釈倍率を変更すると、製品パフォーマンスやデータ品質に影響を及ぼす可能性があります。

【04】シーケンシングデータをどのように解析したら良いですか?

10x Genomics社が提供する解析ソフトウェア「Cell Ranger」を使用してください。その際、MultiProMultiPro™抗体カクテル独自のFeature Barcode Reference fileをセットアップする必要があります。

■ 全ての「よくある質問 FAQ」はこちらから閲覧できます

よくある質問：MultiPro™（マルチプロ）オリゴヌクレオチド標識抗体 FAQ

使用例

■ MutliPro™（マルチプロ）を用いた解析例

SRC（細胞質局在タンパク質）

MultiPro（マルチプロ）シングルセル解析用免疫プロファイリング抗体カクテルを用いたSRCタンパク質解析データ

IRF4（核局在タンパク質）

MultiPro（マルチプロ）シングルセル解析用免疫プロファイリング抗体カクテルを用いたIRF4タンパク質解析データ

IL18（分泌タンパク質）

MultiPro（マルチプロ）シングルセル解析用免疫プロファイリング抗体カクテルを用いたIL18タンパク質解析データ

CD4（細胞表面タンパク質）

MultiPro（マルチプロ）シングルセル解析用免疫プロファイリング抗体カクテルを用いたCD4タンパク質解析データ

図. 未処理またはLPS処理済み4%PFA固定ヒトPBMCをMultiPro™免疫プロファイリング抗体カクテル（カタログ番号：G900004）と反応させ、10x Genomic®社のFeature Barcodeマルチプレキシングキットを用いて処理し、Illumina社装置でシーケンシングを実行しました。得られたFASTQデータからmRNA発現情報に基づいてUniform Manifold Approximation and Projection（UMAP）を用いてクラスタリングした後、タンパク質発現情報を重ね合わせました。