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商品情報

記事ID : 13591
研究用

PacBio RS IIPacBio RS II / Sequel ロングリードシーケンシング
マクロジェン社:PacBio RS II

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1分子リアルタイムシーケンサーである PacBio RS II は、他社シーケンサーに比べ正確ではるかに長いリードを得ることができます。シーケンスは SMART Cells 上にある数千個の Zero-Mode Waveguides(ZMWs)内で行われます。ZMWs 内には 1分子の DNA ポリメラーゼが固定されており、蛍光を用いて DNA 合成反応を検出することでシーケンスデータが得られます。バクテリア等の de novo アセンブリにご利用頂けます。

PacBio RS

アプリケーション

Generate Finished Genomes

  • Resolve mobile elements and structural variation events
  • Generate complete, accurate, and contiguous genome assemblies
  • Annotate more genes

De novo assembly

  • Hierarchical assembly
  • Hybrid assembly
  • Scaffolding
  • Gap filling
Hierarchical Genome Assembly Process [HGAP]

Discover the Epigenome

The PacBio® RS II detects DNA base modifications using the kinetics of the polymerization reaction during sequencing.

Characterize Genomic Variation

  • Isoform sequencing
  • Repeat expansions
  • Structural variation and copy number variants
  • Full-length 16S rRNA sequencing
  • Compound mutations and haplotype phasing
  • Minor variants and Quasispecies
  • SNP detection and validation
SMART® Technology
P6-C4 Chemistry

参考価格および標準納期


サービス項目 PacBio RS II Sequencing Sequel Sequencing
使用機種 PacBio RS II Suquel system
対象生物 全生物 全生物
データ量 1 SMRT Cell あたり 700 Mb〜800 Mb(非保証) 1 SMRT Cell あたり 6Gb 〜 9Gb(非保証)
リード長 〜50 Kbp 〜50 Kbp
シーケンス方法 1 SMRT Cell, P6C4 系 1 SMRT Cell, P6C4 系
必要サンプル量
  • gDNA量:16 µg以上
  • 濃度:50 ng/µL以上 A260/A280:1.8以上
  • A260/A230:1.8以上
  • 電気泳動でsmearなし(写真を事前にご送付下さい)。
  • gDNA量:16 µg以上
  • 濃度:50 ng/µL以上 A260/A280:1.8以上
  • A260/A230:1.8以上
  • 電気泳動でsmearなし(写真を事前にご送付下さい)。
データ解析 なし なし
価格(税抜) ライブラリ作製費用:64,000 円
1 SMRT Cell のラン費用:105,000 円
オプション:
1. Assembly (bacteria): 49,000 円
2. Annotation: 49,000 円
ライブラリ作製費用:97,000 円 (4 kb 未満)、161,000 円(4 kb 以上)
1 SMRT Cell のラン費用:291,000 円
オプション:
1. Assembly (bacteria): 82,000 円
2. Annotation: 49,000 円
納期(QC合格後) 4-6 週間 4-6 週間
納品物
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. bas.h5
  3. metadata.xml  など
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. subreads.bam/phi
  3. scraps.bam/pbi
  4. xml  など

サンプル調製方法

PacBioの場合は他の次世代シーケンス機器よりもサンプル状態が結果に大きく影響します。
gDNA抽出は以下にご注意ください。

- gDNA抽出はQiagen DNeasy kitまたはPromega Wizard kit などを推薦致します。(他のkitも使用可能です。)
- elution bufferはEDTAなどが入ってないTris-HCl(PH8) bufferを推薦致します。
- 不純物(腐植酸、phenol類など)が入らないようにしてください。

gDNA量:16 µg以上
濃度:50 ng/µL以上
A260/A280:1.8以上
A260/A230:1.8以上
電気泳動でsmearなし (写真を事前にご送付ください)。

以上がサンプルの条件です。
ただし、マクロジェン社の定量方法(picogreen方法)と nanodrop などの方法は2倍以上の差がある場合もあります。
可能であれば基準より量は多く準備して頂きたく存じます。
※サンプルQCは3回目から追加料金が発生致しますのでご了承ください。

 

サンプルのご送付方法

  • サンプルは緩衝材と保冷剤を入れた発泡スチロール製保冷箱に入れ、サンプルがDNAの場合は保冷剤を、サンプルがRNAの場合はドライアイスを十分入れてご送付ください。チューブの破損やクロスコンタミネーションに十分ご注意下さい。
  • チューブには必ずラベルや油性マジックでサンプル名を記載し、他のチューブと判別できるようにご注意下さい。
  • ご送付は宅急便等で下記宛先まで着払いにてご送付ください。なお、サンプルの紛失を避けるために事前に jutaku_gr@cosmobio.co.jp までご送付日、配送業者名、お問合せ番号をお知らせください。
サンプル
送付先
〒606-8501
京都府京都市左京区吉田本町36-1
京都大学国際科学イノベーション棟3F
(株)マクロジェン・ジャパンNGSサービス係行き
TEL: 075-746-2773

 

お見積り・ご注文方法

お見積り依頼・ご注文の際は下記のオーダーシートに必要事項をご入力いただき、FAX か E­mail にて営業部宛にご送付をお願いいたします。ご注文の際はお取引のある代理店様に品番、数量をご指定の上ご発注下さい。またサンプルをご送付いただく際は本オーダーシートをサンプルに同封して下さい。

オーダーシート
送付先
コスモ・バイオ株式会社 営業部
FAX: 03-5632-9614
E-mail: jutaku_gr@cosmobio.co.jp

次世代シーケンシング受託サービス (MACROGEN)一覧

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お問い合わせ先 : 創薬・受託サービス部

ご質問・ご不明の点は創薬・受託サービス部までお問い合せください。また、秘密保持契約のご希望につきましても、下記までご連絡をお願いいたします。

TEL
03-5632-9616
FAX
03-5632-9614
E-mail
MAG@cosmobio.co.jp

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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