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記事ID : 13594
研究用

Transcriptome Sequencingトランスクリプトームシーケンシング
マクロジェン社:Transcriptome Sequencing

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  • トランスクリプトームシーケンシングでは、RNA 解析によりサンプル間の 発現量の差 (Expression profile) を見ることができ、リファレンスデー タベースがない種でも GS-FLX / HiSeq など、様々なプラットフォーム を用いた新規トランスクリプトーム解析を行えます。
  • 21〜23個のヌクレオチドで構成されている非翻訳領域の small RNA (small non-coding RNA) が siRNA や miRNA として作用するメカニ ズムはよく知られています。
Technology pipeline for Transcriptome

シーケンシングプラットフォーム

  • Novaseq6000
Novaseq6000画像

データ解析*

Sequencing at various output level

  • GS-FLX : 10〜80M / HiSeq : 2〜10Gb or higher
  • Raw-data-only sequencing service available
  • Newbler (GS-FLX) / Trinity (HiSeq) softwares

Transcriptome data analysis

  • Standard data analysis
    - de novo Assembly / Alignment and Statistics
    - Gene expression profile
    - Differentially Expressed Genes (DEGs) 
    - SNPs and Indel calling by mapping to reference genome
  • Advanced data analysis
    - Gene Annotations / Gene Set Analysis
    - Comparative analysis
    - Customized analysis

Small RNA data analysis

  • Small RNA data Analysis
    - Expression Profiles, Novel smRNA, Differentially Expressed miRNA
    - Target Prediction of Known miRNA
    - Gene Set Analysis
    - Comparative analysis
Technology pipeline for small RNA Sequencing

* Data Analysis may be varified by the availability of reference and the type of platform.

納品データ例

 

参考価格および標準納期

サービス項目 mRNA-seq small RNA-seq
使用機種 Novaseq 6000 HiSeq2500
対象生物 ヒト、マウス、ラット等 ヒト、マウス、ラット等
データ量 4 Gb (リード数:4,000 万) 1 レーン使用:約 8 Gb
リード長 100 bp 50 bp
シーケンス方法 Paired End Single End
必要サンプル量 Total RNA 1 µg 以上、濃度 >20 ng/uL Total RNA 3 µg 以上
データ解析
  • Expression profiling による Differentially Expressed Small RNA の探索
  • 新規 Small RNA の探索
  • Expression profiling による Differentially Expressed Small RNA の探索
  • 新規 Small RNA の探索
価格(税抜)
  • ライブラリ作製およびシーケンス
    :46,000 円/サンプル
    (TruSeq® Stranded Total RNA Library Prep 使用)
  • データ解析:45,000 円/サンプル
  • ライブラリー作製:65,000 円
    1 レーン:21.5 万円
  • データ解析:49,000 円
納期(QC合格後) シーケンス: 6-8 週間
データ解析:1-2 週間
約 8 週間(データ解析まで)
納品物
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. サンプル間の発現レベル比較結果
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. サンプル間の発現レベル比較結果

 

サンプルのご送付方法

  • サンプルは緩衝材と保冷剤を入れた発泡スチロール製保冷箱に入れ、サンプルがDNAの場合は保冷剤を、サンプルがRNAの場合はドライアイスを十分入れてご送付ください。チューブの破損やクロスコンタミネーションに十分ご注意下さい。
  • チューブには必ずラベルや油性マジックでサンプル名を記載し、他のチューブと判別できるようにご注意下さい。
  • ご送付は宅急便等で下記宛先まで着払いにてご送付ください。なお、サンプルの紛失を避けるために事前に jutaku_gr@cosmobio.co.jp までご送付日、配送業者名、お問合せ番号をお知らせください。
サンプル
送付先
〒606-8501
京都府京都市左京区吉田本町36-1
京都大学国際科学イノベーション棟3F
(株)マクロジェン・ジャパンNGSサービス係行き
TEL: 075-746-2773

 

お見積り・ご注文方法

お見積り依頼・ご注文の際は下記のオーダーシートに必要事項をご入力いただき、FAX か E­mail にて営業部宛にご送付をお願いいたします。ご注文の際はお取引のある代理店様に品番、数量をご指定の上ご発注下さい。またサンプルをご送付いただく際は本オーダーシートをサンプルに同封して下さい。

オーダーシート
送付先
コスモ・バイオ株式会社 営業部
FAX: 03-5632-9614
E-mail: jutaku_gr@cosmobio.co.jp

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お問い合わせ先 : 創薬・受託サービス部

ご質問・ご不明の点は創薬・受託サービス部までお問い合せください。また、秘密保持契約のご希望につきましても、下記までご連絡をお願いいたします。

TEL
03-5632-9616
FAX
03-5632-9614
E-mail
MAG@cosmobio.co.jp

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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