記事ID ： 13594

Transcriptome Sequencing(RNA-seq) トランスクリプトームシーケンシング (RNA-seq)
マクロジェン社：Transcriptome Sequencing

メーカー名：株式会社マクロジェン・ジャパン

トランスクリプトームシーケンシングでは、RNA 解析によりサンプル間の発現量の差（Expression profile）を見ることができ、リファレンスデータベースがない種でも新規トランスクリプトーム解析を行えます。
21～23個のヌクレオチドで構成されている非翻訳領域の small RNA （small non-coding RNA）が siRNA や miRNA として作用するメカニズムはよく知られています。

データ解析*

Transcriptome data analysis

Standard data analysis
- de novo Assembly / Alignment and Statistics
- Gene expression profile
- Differentially Expressed Genes （DEGs）
- SNPs and Indel calling by mapping to reference genome
Advanced data analysis
- Gene Annotations / Gene Set Analysis
- Comparative analysis
- Customized analysis

Small RNA data analysis

Small RNA data Analysis
- Expression Profiles, Novel smRNA, Differentially Expressed miRNA
- Target Prediction of Known miRNA
- Gene Set Analysis
- Comparative analysis

* Data Analysis may be varified by the availability of reference and the type of platform.

サービス項目	RNA-seq	small RNA-seq
使用機種	NovaSeq 6000 or NovaSeq X plus	HiSeq2500
対象生物	ヒト、マウス、ラット等	ヒト、マウス、ラット等
データ量	4 Gb or 6Gb (リード数：4,000 万)	1 レーン使用：約 8 Gb
リード長	100 bp or 150bp	50 bp
シーケンス方法	Paired End	Single End
必要サンプル量	Total RNA 1 µg 以上(mRNA Library Prep) Total RNA 0.5 µg 以上(Total RNA Library Prep)	Total RNA 3 µg 以上
価格（税抜）	ライブラリ作製およびシーケンス TruSeq®stranded mRNA Library Prep. Kit 真核生物用(PolyAキャプチャー対応でのmRNA-Seq仕様) 40,000円/サンプル TruSeq® stranded Total RNA Library Prep. Kit with RiboZero Plus kit ヒト・マウスなどの哺乳類、バクテリアなどの微生物解析用 51,000円/サンプルデータ解析(Human,MouseのDEG解析） 16,000 円/サンプル^※1	ライブラリー作製：51,000 円（TruSeq Small RNA Library Prep Kit使用） 1 レーン：21.5 万円データ解析：49,000 円
納期（QC合格後）	約 4～6 週間	約 8 週間（データ解析まで）
納品物	シーケンシング結果（fastq）サンプル間の発現レベル比較結果	シーケンシング結果（fastq）サンプル間の発現レベル比較結果

※1 Human, Mouseサンプルで5比較以上は追加費用が必要となります。

サンプルは緩衝材と保冷剤を入れた発泡スチロール製保冷箱に入れ、サンプルがDNAの場合は保冷剤を、サンプルがRNAの場合はドライアイスを十分入れてご送付ください。チューブの破損やクロスコンタミネーションに十分ご注意下さい。
チューブには必ずラベルや油性マジックでサンプル名を記載し、他のチューブと判別できるようにご注意下さい。
ご送付は宅急便等で下記宛先まで着払いにてご送付ください。なお、サンプルの紛失を避けるために事前に jutaku_gr@cosmobio.co.jp までご送付日、配送業者名、お問合せ番号をお知らせください。

サンプル送付先	〒135-0064 東京都江東区青海2-4-32　タイム24ビル16F （株）マクロジェン・ジャパン　NGSサービス係行き TEL: 03-5962-1124

ご提供いただくサンプルについては、インフォームド・コンセントが取得されており、かつドナーの個人情報が特定できないように匿名化されたものである必要がございます。