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研究用

Whole genome sequencing(WGS) 全ゲノムシーケンシング (WGS)

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NovaSeq X Plusシステムは、従来のNovaSeq6000と比較して、より高速・高精度・高スループットな全ゲノムシーケンス解析を実現します。最新技術の導入により、全ゲノム解析をこれまで以上に短期間で効率的に、かつ高品質に実施することが可能となりました。

クロジェン社では、NovaSeq X Plusを活用した次世代シーケンス解析サービスを提供しており、以下のような幅広いニーズに対応しています:

  • 未知生物種の全ゲノム解読:リファレンス配列が存在しない生物種に対して、de novoアセンブリにより高精度な全ゲノム配列を決定。
  • 既知生物種の変異解析:既存の全ゲノムリファレンス配列と照合し、SNP、InDdel、構造変異などを網羅的に解析。

データ解析

  • 全ゲノムリファレンス配列へのマッピング
  • 一塩基多型 (SNVs/SNPs)
  • 塩基挿入/欠失 (InDel)
  • コピー数多型 (CNVs)
  • 構造解析 (SVs)
    *データ解析の一例です。記載のない解析もご相談ください。

納品データ例

上記の納品データ例では HiSeqX を使用しておりますが、NovaSeq X Plus を使用する場合も同様のレポートが納品されます。

参考価格及び納期

使用機種 NovaSeq X Plus
対象生物 全生物
データ量 90 Gb, 45 Gb
リード長 150 bp
シーケンス方法 Paired End
必要サンプル量 gDNA 1 ug 以上 (最低 0.2 ug 以上)
データ解析
  • リファレンスゲノムへのマッピング
  • SNVの探索 アノテーション Short InDel、転座などの構造変異
  • Copy Number Variation(CNV)の検出
CNVを含む構造変異の検出はヒト、マウス、ラットの場合のみ対応可
価格(税抜)
  • ライブラリ作製およびシーケンス費用
    90Gbの場合 :97,000円 /サンプル
    45Gbの場合 :79,000円 /サンプル
  • データ解析費用
    ヒト・マウス・ラット :20,000円 /サンプル(SNPs, small In/Del, CNV, SV)
    ヒト・マウス・ラット以外 :40,000円 /サンプル(SNPs, small In/Del)
  • ハードディスク費用 :30,000 円(100万円以上の解析の際は無償)
納期(QC合格後) 4-6 週間
納品物
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. リファレンスゲノムへのマッピング結果
  3. SNV(一塩基変異)及び InDel(挿入・欠失変異)のリスト
  4. CNV(コピー数変異)および SV(染色体構造変異)(ヒト、マウス、ラットの場合のみ)

サンプル調製方法

TruSeq DNA PCR-Free Sample Prep Kit の使用をご希望される場合 1ug 以上のゲノムDNA をご送付ください。ライブラリーのインサートサイズが 350 bp と 550 bp がありますが、一般的には 350 bp をご選択いただきます。550 bp をご希望される場合は 2 ug 以上のゲノムDNAをご送付ください。本キットは PCR による増幅の過程を含みませんので、本キットの使用をお勧めいたします。

サンプル量が少なく TruSeq Nano DNA Library Preparation Kit の使用をご希望される場合は、0.1ug 以上のゲノムDNA をご送付ください。ライブラリーのインサートサイズが 350 bp と 550 bp がありますが、一般的には 350 bp をご選択いただきます。550 bp をご希望される場合は 0.2 ug 以上のゲノムDNA をご送付ください。

サンプルのご送付方法

  • サンプルは緩衝材と保冷剤を入れた発泡スチロール製保冷箱に入れ、サンプルがDNAの場合は保冷剤を、サンプルがRNAの場合はドライアイスを十分入れてご送付ください。チューブの破損やクロスコンタミネーションに十分ご注意ください。
  • チューブには必ずラベルや油性マジックでサンプル名を記載し、他のチューブと判別できるようにご注意ください。
  • ご送付は宅急便等で下記宛先まで着払いにてご送付ください。なお、サンプルの紛失を避けるために事前に jutaku_gr@cosmobio.co.jp までご送付日、配送業者名、お問合せ番号をお知らせください。
サンプル
送付先
〒135-0064
東京都江東区青海2-4-32 タイム24ビル16F
(株)マクロジェン・ジャパン NGSサービス係行き
TEL: 03-5962-1124

ご提供いただくサンプルについては、インフォームド・コンセントが取得されており、かつドナーの個人情報が特定できないように匿名化されたものである必要がございます。

お見積り・ご注文方法

お見積り依頼・ご注文の際は下記のオーダーシートに必要事項をご入力いただき、E­mail にてご送付をお願いいたします。ご注文の際はお取引のある代理店様に品番、数量をご指定の上ご発注ください。またサンプルをご送付いただく際は本オーダーシートをサンプルに同封してください。

オーダーシート
送付先
コスモ・バイオ株式会社 創薬・受託サービス部
E-mail: jutaku_gr@cosmobio.co.jp

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メールでの問い合わせ
jutaku_gr@cosmobio.co.jp
電話でのお問い合わせ
03-5632-9615
受付時間:平日(9:00~17:30)

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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