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Whole genome sequencing(WGS) 全ゲノムシーケンシング (WGS)

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メーカー名：株式会社マクロジェンジャパン

Novaseq6000

NovaSeq6000システムは、複数の選択肢から最適なフローセルを選択することで、全ゲノムシーケンスからトランスクリプトームまで、幅広いアプリケーションに対応したイルミナ社の最新大規模シーケンサーです。大規模シーケンサーHiSeqXと比較して、時間あたり3倍のデータ量を達成しました。一回のシーケンス解析により大量のデータを取得できるため、短期間かつ安価に、幅広いアプリケーションを提供できます。

マクロジェン社はNovaSeq6000を用いた次世代シーケンス解析により、全ゲノム配列が同定されていない生物種の全ゲノム配列を決定します。全ゲノム配列が解析されている生物種においては、取得した全ゲノム配列データを、データベース等より取得した全ゲノムリファレンス配列と比較します。

データ解析

全ゲノムリファレンス配列へのマッピング
一塩基多型 (SNVs/SNPs)
塩基挿入/欠失 (InDel)
コピー数多型 (CNVs)
構造解析 (SVs)
＊データ解析の一例です。記載のない解析もご相談ください。

納品データ例

＊上記の納品データ例では HiSeqX を使用しておりますが、NovaSeq6000 を使用する場合も同様のレポートが納品されます。

参考価格及び納期

使用機種	NovaSeq6000
対象生物	全生物
データ量	90 Gb, 45 Gb
リード長	150 bp
シーケンス方法	Paired End
必要サンプル量	gDNA 1 ug 以上（最低 0.2 ug 以上）
データ解析	リファレンスゲノムへのマッピング SNVの探索アノテーション Short InDel、転座などの構造変異 Copy Number Variation（CNV）の検出 CNVを含む構造変異の検出はヒトの場合のみ対応可
価格（税抜）	90 Gb ライブラリ作製及びシーケンス費用：131,000 円 45 Gb ライブラリ作製及びシーケンス費用：93,000 円データ解析費用：20,000 円（ヒト、SNP, CNV, SV 解析含む） SNP, Short InDel 解析費用：40,000 円（ヒト以外） CNV 解析費用：49,000 円（ヒト以外） SV 解析：49,000 円（ヒト以外）ハードディスク費用：30,000 円（100万円以上の解析の際は無償）
納期（QC合格後）	4-6 週間
納品物	シーケンシング結果（fastq）リファレンスゲノムへのマッピング結果 SNV（一塩基変異）及び InDel（挿入・欠失変異）のリスト CNV（コピー数変異）および SV（染色体構造変異）（ヒトの場合のみ）

サンプル調製方法

TruSeq DNA PCR-Free Sample Prep Kit の使用をご希望される場合 1ug 以上のゲノムDNA をご送付ください。ライブラリーのインサートサイズが 350 bp と 550 bp がありますが、一般的には 350 bp をご選択頂きます。550 bp をご希望される場合は 2 ug 以上のゲノムDNAをご送付ください。本キットは PCR による増幅の過程を含みませんので、本キットの使用をお勧め致します。

サンプル量が少なく TruSeq Nano DNA Library Preparation Kit の使用をご希望される場合は、0.1ug 以上のゲノムDNA をご送付ください。ライブラリーのインサートサイズが 350 bp と 550 bp がありますが、一般的には 350 bp をご選択頂きます。550 bp をご希望される場合は 0.2 ug 以上のゲノムDNA をご送付ください。

サンプルのご送付方法

サンプルは緩衝材と保冷剤を入れた発泡スチロール製保冷箱に入れ、サンプルがDNAの場合は保冷剤を、サンプルがRNAの場合はドライアイスを十分入れてご送付ください。チューブの破損やクロスコンタミネーションに十分ご注意下さい。
チューブには必ずラベルや油性マジックでサンプル名を記載し、他のチューブと判別できるようにご注意下さい。
ご送付は宅急便等で下記宛先まで着払いにてご送付ください。なお、サンプルの紛失を避けるために事前に jutaku_gr@cosmobio.co.jp までご送付日、配送業者名、お問合せ番号をお知らせください。

サンプル送付先	〒135-0064 東京都江東区青海2-4-32　タイム24ビル16F （株）マクロジェン・ジャパン　NGSサービス係行き TEL: 03-5962-1124

ご提供いただくサンプルについては、インフォームド・コンセントが取得されており、かつドナーの個人情報が特定できないように匿名化されたものである必要がございます。