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科学コミュニティーに向けた質量分析に基づくプロテオミクスデータセットの効率的な表示と保存

Effective Representation and Storage of Mass Spectrometry-Based Proteomic Data Sets for the Scientific Community

Perspectives

Sci. Signal., 15 February 2011
Vol. 4, Issue 160, p. pe7
[DOI: 10.1126/scisignal.2001839]

Jesper V. Olsen1* and Matthias Mann1,2*

1 Center for Protein Research, University of Copenhagen, Faculty of Health Sciences, Blegdamsvej 3b, DK-2200 Copenhagen N, Denmark.
2 Department for Proteomics and Cell Signaling, Max Planck Institute of Biochemistry, Am Klopferspitz 18, D-82152 Martinsried, Germany.

* E-mail: jesper.olsen@cpr.ku.dk (J.V.O.); mmann@biochem.mpg.de (M.M.)

要約:質量分析(mass spectrometry:MS)に基づくプロテオミクスは、細胞シグナル伝達ネットワークの網羅的解析のための技術の一選択肢として登場した。しかし、MSデータの報告と共有はしばしば場当たり的であり、このことがシグナル伝達の研究コミュニティーにおけるプロテオミクスの有用性を制限している。われわれは、生データが詳細なペプチドやタンパク質の同定および定量化情報とともにプロテオミクス研究に対して常に提供されるべきであると主張する。ペプチドの同定とその翻訳後修飾に用いられる統計的基準は、主として個々のプロジェクトごとに確立されている。しかし、このような個別の結果をUniProtなどのデータベースに無差別に組み入れる現行の運用には問題がある。基礎をなすデータの質に大きなばらつきがあるので、われわれは信頼性のレベルによって分類されたデータの注釈付けを推奨する。定量的データの報告に必要となる要件は開発されつつあるが、それらのデータをコミュニティー全体で共有するための機構はほとんど存在しない。

J. V. Olsen, M. Mann, Effective Representation and Storage of Mass Spectrometry-Based Proteomic Data Sets for the Scientific Community. Sci. Signal. 4, pe7 (2011).

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