ヒト代謝アトラス

Sci. Signal. 24 Mar 2020:
Vol. 13, Issue 624, eaaz1482
DOI: 10.1126/scisignal.aaz1482

Jonathan L. Robinson^1,2,*, Pinar Kocabaş^1,2,*, Hao Wang^1,3,4,*, Pierre-Etienne Cholley^4,*, Daniel Cook¹, Avlant Nilsson¹, Mihail Anton⁴, Raphael Ferreira¹, Iván Domenzain^1,2, Virinchi Billa¹, Angelo Limeta¹, Alex Hedin¹, Johan Gustafsson^1,2, Eduard J. Kerkhoven¹, L. Thomas Svensson⁴, Bernhard O. Palsson^5,6,7, Adil Mardinoglu^8,9, Lena Hansson^4,10, Mathias Uhlén^5,8,11, and Jens Nielsen^1,2,5,12,†

1. ¹ Department of Biology and Biological Engineering, Chalmers University of Technology, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
2. ² Wallenberg Center for Protein Research, Chalmers University of Technology, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
3. ³ Wallenberg Center for Molecular and Translational Medicine, University of Gothenburg, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
4. ⁴ Department of Biology and Biological Engineering, National Bioinformatics Infrastructure Sweden, Science for Life Laboratory, Chalmers University of Technology, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
5. ⁵ Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark.
6. ⁶ Department of Bioengineering, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA.
7. ⁷ Department of Pediatrics, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA.
8. ⁸ Department of Protein Science, Science for Life Laboratory, KTH-Royal Institute of Technology, SE-10044 Stockholm, Sweden.
9. ⁹ Centre for Host-Microbiome Interactions, Faculty of Dentistry, Oral & Craniofacial Sciences, King's College London, London WC2R 2LS, UK.
10. ¹⁰ Novo Nordisk Research Centre Oxford, Oxford OX3 7FZ, UK.
11. ¹¹ Wallenberg Center for Protein Research, KTH-Royal Institute of Technology, SE-10044 Stockholm, Sweden.
12. ¹² BioInnovation Institute, Ole Maaløes Vej 3, DK-2200 Copenhagen, Denmark.

† Corresponding author. Email: nielsenj@chalmers.se

* These authors contributed equally to this work.

要約

ゲノム規模代謝モデル（GEM）は、代謝を研究する有用なツールであり、オミクスデータの統合解析のための足場を提供する。研究者は、より包括的なヒトGEMを開発してきたが、異なるモデルのソースおよびバージョン間の断絶が、さらなる進歩を妨げている。そこでわれわれは、最新のヒト代謝モデルを統合し、広範囲にキュレーションして、コンセンサスGEMである Human1を構築した。トランスクリプトーム、プロテオミクス、および動態データを用いて、細胞および組織固有のモデルを作成および解析することにより、Human1の汎用性を実証した。また、Human1コンテンツのさらなる探索と視覚化を促進する、付随的WebポータルであるMetabolic Atlas（https://www.metabolicatlas.org/）も提供する。Human1は、バージョン管理されたオープンソースモデル開発フレームワークを用いて作成され、コミュニティ主導キュレーションと改良が可能である。このフレームワークにより、Human1は、ヒトの健康と病気に関する将来の研究への発展型共有リソースになりうる。

Citation: J. L. Robinson, P. Kocabaş, H. Wang, P.-E. Cholley, D. Cook, A. Nilsson, M. Anton, R. Ferreira, I. Domenzain, V. Billa, A. Limeta, A. Hedin, J. Gustafsson, E. J. Kerkhoven, L. T. Svensson, B. O. Palsson, A. Mardinoglu, L. Hansson, M. Uhlén, J. Nielsen, An atlas of human metabolism. Sci. Signal. 13, eaaz1482 (2020).