ヒト代謝アトラス

An atlas of human metabolism

Research Article

Sci. Signal. 24 Mar 2020:
Vol. 13, Issue 624, eaaz1482
DOI: 10.1126/scisignal.aaz1482

Jonathan L. Robinson1,2,*, Pinar Kocabaş1,2,*, Hao Wang1,3,4,*, Pierre-Etienne Cholley4,*, Daniel Cook1, Avlant Nilsson1, Mihail Anton4, Raphael Ferreira1, Iván Domenzain1,2, Virinchi Billa1, Angelo Limeta1, Alex Hedin1, Johan Gustafsson1,2, Eduard J. Kerkhoven1, L. Thomas Svensson4, Bernhard O. Palsson5,6,7, Adil Mardinoglu8,9, Lena Hansson4,10, Mathias Uhlén5,8,11, and Jens Nielsen1,2,5,12,†

  1. 1 Department of Biology and Biological Engineering, Chalmers University of Technology, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
  2. 2 Wallenberg Center for Protein Research, Chalmers University of Technology, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
  3. 3 Wallenberg Center for Molecular and Translational Medicine, University of Gothenburg, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
  4. 4 Department of Biology and Biological Engineering, National Bioinformatics Infrastructure Sweden, Science for Life Laboratory, Chalmers University of Technology, Kemivägen 10, SE-41258 Gothenburg, Sweden.
  5. 5 Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark.
  6. 6 Department of Bioengineering, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA.
  7. 7 Department of Pediatrics, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA.
  8. 8 Department of Protein Science, Science for Life Laboratory, KTH-Royal Institute of Technology, SE-10044 Stockholm, Sweden.
  9. 9 Centre for Host-Microbiome Interactions, Faculty of Dentistry, Oral & Craniofacial Sciences, King's College London, London WC2R 2LS, UK.
  10. 10 Novo Nordisk Research Centre Oxford, Oxford OX3 7FZ, UK.
  11. 11 Wallenberg Center for Protein Research, KTH-Royal Institute of Technology, SE-10044 Stockholm, Sweden.
  12. 12 BioInnovation Institute, Ole Maaløes Vej 3, DK-2200 Copenhagen, Denmark.

† Corresponding author. Email: nielsenj@chalmers.se

* These authors contributed equally to this work.

要約

ゲノム規模代謝モデル(GEM)は、代謝を研究する有用なツールであり、オミクスデータの統合解析のための足場を提供する。研究者は、より包括的なヒトGEMを開発してきたが、異なるモデルのソースおよびバージョン間の断絶が、さらなる進歩を妨げている。そこでわれわれは、最新のヒト代謝モデルを統合し、広範囲にキュレーションして、コンセンサスGEMである Human1を構築した。トランスクリプトーム、プロテオミクス、および動態データを用いて、細胞および組織固有のモデルを作成および解析することにより、Human1の汎用性を実証した。また、Human1コンテンツのさらなる探索と視覚化を促進する、付随的WebポータルであるMetabolic Atlas(https://www.metabolicatlas.org/)も提供する。Human1は、バージョン管理されたオープンソースモデル開発フレームワークを用いて作成され、コミュニティ主導キュレーションと改良が可能である。このフレームワークにより、Human1は、ヒトの健康と病気に関する将来の研究への発展型共有リソースになりうる。

Citation: J. L. Robinson, P. Kocabaş, H. Wang, P.-E. Cholley, D. Cook, A. Nilsson, M. Anton, R. Ferreira, I. Domenzain, V. Billa, A. Limeta, A. Hedin, J. Gustafsson, E. J. Kerkhoven, L. T. Svensson, B. O. Palsson, A. Mardinoglu, L. Hansson, M. Uhlén, J. Nielsen, An atlas of human metabolism. Sci. Signal. 13, eaaz1482 (2020).

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