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酪農食品科学特論 - 機能性ミルクタンパク質実験講座 - 改訂版

記事ID : 5573

I.構造編-付録:ソフトウエアとウエッブサイト一覧


ソフトウエアとウエッブサイト一覧

ソフトウエア(2007.07現在)
(フリーウエアでまとめました。ただし、ダウンロードに先立って登録が必要な場合もあります。なお、本文中には記載の無い新たに見出されたソフトウェアやサイトも収載しましたが、今回の更新時点に見つからなかったソフトウェアやサイトは取消し線を入れてあります。)

 

 

 

○第2章
Scion Image (Win, Mac) http://www.scioncorp.com/index.htm
Image J (Win, Mac, Linux) http://rsb.info.nih.gov/ij/index.html
NIH Image (Mac) http://rsb.info.nih.gov/nih-image/
OpenOffice.org (Win, Mac, Linux, Solaris) http://ja.openoffice.org/
ISIS Draw (Win, Mac) http://www.mdli.com/jp/index.jsp(要登録)
ChemSketch (Win) http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html(要登録)

 

 

 

○第5章
paws (Win) http://bioinformatics.genomicsolutions.com/

 

 

 

○第7章
m/z (moverz, Win) http://bioinformatics.genomicsolutions.com/

 

○第11章
アラインメントエディタ
ClustalX (Win, Mac, Unix) ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX
BioEDit (Win) http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
GeneDoc (Win) http://www.nrbsc.org/
seaview (Win, Mac, Linux) http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html
SeqPup (Win, Mac) http://iubio.bio.indiana.edu/software/
Se-Al (Mac) http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/
MPSA (Mac, UNIX) http://mpsa-pbil.ibcp.fr/
CLC Free Workbench (Win, Mac, Linux)
http://www.infocom.co.jp/bio/bioinfo/Fbench.html

 

○第15章
RasMol (Win, Mac, Unix, Linux) http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
Swiss-Pdb Viewer (Win, Mac, Linux) http://www.expasy.ch/spdbv/
Molscript (Unix, Linux) http://www.avatar.se/molscript/
Raster3D (Unix, Linux) http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html
GRASP (Unix) http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Software:GRASP
ChemscapeChime(Win, Mac, Linux) http://www.mdli.com/index.jsp(要登録)
http://www.cs.kyoto-wu.ac.jp/~konami/chem/molecules/chimeinstall.html
Protein Explorer (Win, Mac) http://www.umass.edu/microbio/chime/pe_beta/pe/protexpl/
Cn3D (Win, Mac, Unix) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/CN3D/cn3d.shtml
Seq-Gen (Win,Mac) http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html
iMOL (Mac) http://www.pirx.com/iMol/index.shtml

関連するウェッブサイト・サーバ

○第8章
質量分析によるタンパク質同定のための検索サイトとツール
ProteinProspector (MS-Fit, MS-Tag) http://prospector.ucsf.edu/
Mascot Search http://www.matrixscience.com/search_form_select.html
PeptideSearch http://www.narrador.embl-heidelberg.de/GroupPages/PageLink/peptidesearchpage.html
ProFound http://bioinformatics.genomicsolutions.com/service/prowl/profound.html
MassSearch http://cbrg.inf.ethz.ch/Server/services.html
PeptIdent http://kr.expasy.org/tools/peptident.html
Aldente http://br.expasy.org/tools/aldente/
MS-Tag http://prospector.ucsf.edu/

 

○第11章
日本DNAデータバンク(DDBJ, DNA Data Bank of Japan)
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
UCSC (University of California, Santa Cruz) http://genome.ucsc.edu/
EBI (European Bioinformatics Institute) http://ensembl.org
東京大学医化学研究所ヒトゲノム解析センター http://hgc.jp/
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター http://www.genome.ad.jp/
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター http://www.cbrc.jp/

 

○第12章
タンパク質疎水域の解析
SOSUI http://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/~sosui/proteome/sosuiframe0.html

 

モチーフの解析
EXPASY http://www.expasy.ch/prosite/
InterPro http://www.ebi.ac.uk/interpro

 

○第13章
タンパク質立体構造比較・分類サイト(階層的に分類された結果を与えるもの)
SCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/index.html
CATH http://www.cathdb.info/latest/index.html
EMBL-EMI http://www.ebi.ac.uk/services/

 

タンパク質立体構造比較・分類サイト(その他)
FSSP http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-lib+FSSP
CE http://cl.sdsc.edu/ce.html
VAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vast.shtml
VAST Search http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vastsearch.html
Dali server http://www.ebi.ac.uk/dali/

 

二次構造の予測
PHD http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
PSIpred http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
PredictProtein http://www.predictprotein.org/
SSCP http://coot.embl.de/SSCP//

 

立体構造の予測
3D-PSSM http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/%7E3dpssm/index2.html
FFAS http://bioinformatics.burnham-inst.org/FFAS/
GenTHREADER http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
FUGUE http://tardis.nibio.go.jp/fugue/prfsearch.html
FORTE http://www.cbrc.jp/htbin/forte-cgi/forte_form.pl
DynDom http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/
MolMovDB http://molmovdb.org/
ProMode http://cube.socs.waseda.ac.jp/pages/jsp/ja/index.jsp
PQS http://pqs.ebi.ac.uk/
PreBI http://pre-s.protein.osaka-u.ac.jp/~prebi/

 

○第15章
Protein Data Base (PDB) http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
PDB Lite http://www.umass.edu/microbio/rasmol/pdblite.htm
PDBj(日本語版) http://www.pdbj.org/index_j.html
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure
NCBIミニコース(日本語版) http://www-bird.jst.go.jp/minicourses/

 

その他、役に立ちそうなウエッブサイト(目に付いた一部です。もっともっとあります)
蛋白質核酸酵素 シリーズ あなたにも役立つバイオインフォマティクス 掲載URL一覧 http://homepage1.nifty.com/~takiba/PNE_BioInformatics.html
遺伝情報解析サービスを行っている主なWWWサイト 
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/link/old/protein.html
Biocatalog http://www.angis.org.au/Databases/BioCat/
ExPASy Proteometrics Tools http://au.expasy.org/tools/
Geneservice http://www.geneservice.co.uk/home/
JaMBW http://www.virus.kyoto-u.ac.jp/JaMBW/
Links to Molecular Biology Servers in the World
http://www.genome.ad.jp/other_servers/links.html
Shareware/Freeware Mass Spectrometry Programs on the Internet
http://www.ionsource.com/links/programs.htm
WWWの新ツール 2001 http://spock.genes.nig.ac.jp/~mota/tools2.html
ANTHEPROT http://antheprot-pbil.ibcp.fr/
ゲノム解析ツールリンク集(JST) http://www-btls.jst.go.jp/Links/link.cgi?category=0

 

 

 

注意 本文および上記のフリーソフトやその他の情報の典拠としてのホームページ(ウエッブサイト)アドレスおよびその内容は、頻繁に変化することを常に念頭において下さい。

 

 

 

URLの構成

提供:北海道大学名誉教授 島崎 敬一

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